Devido à ocupação e à independência de Portugal da Espanha, desde 1633, o deterioramento das relações entre estes dois países e as guerras contínuas influenciam a nomeação de novo bispo, dos quais resultou a longa vagatura da Diocese, durante quas 80 anos.  D. João de Casal foi nomeado Bispo de Macau em 1690, chegando a Macau e tomando posse em 1692.  Devideo à erecção de várias dioceses, a de Macau ficou reduzida, praticamente, à cidade de Macau ilhas e terras adjacentes.  Fundou o Cabido desempenhando as funções de Colégio dos Consultores do Bispo, em 1698.  Faleceu em Macau em 1735, contando 45 anos de epsicopado, sendo sepultado na Sé Catedral.